Aldaketa nagusienak puntu hauetan bona  ditzakegu: A. Mikrobiologia molekularra

Biologia molekularrak mikrobiologian iraultza bat ekarri du. Eraginik handiena birologia sailean izan du. Teknika molekularreksail honetan azaltzen dituzte beraien abantailarik handienak metodo tradizionalen aldean. Baina,bakterio-,parasite- eta mikologia sailetan ere abantaila handiak ekarri dituzte. Kasu batzuetan mikroorganismoen kultiboak gold standard-a izatea utzi dio biologia  molekularrari leku eginez (adibidez, Herpes Simplex  Virus (HSV) eta Chlamydia trachomatis­ aren kasuan). Patogenoen diagnostikoaz gain, biologia molekularrak beste zenbait aplikazio ditu mikrobiologia klinikoan,halo nola,birus ezberdinen karga  biralaren kuantifikazioa, erresistentzi geneen detekzioa eta epidemiologiako ikerketak.

Sail honetan eman diren hobekuntzak ondorengo hauek dira:

1.  Azido nukleikoen anplifikazio teknikak

Batez ere polimerasaren kate erreakzioan  (PCR) oinarrituta daude. Teknika hauek  oso baliagarriak bilakatu  dira hainbat gaixotasunen diagnostikoan,besteak beste:

Arnas bideetan birusek sortutako gaixotasunetan: Gripearen birusa edo Arnas Birus Sintzitiala  (RSV),...

Nerbio sistema zentraleko infekzioetan: Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Enterobirusa (EV) eta HSV. lnmunoezinduen eta  transplantatuen infekzioetan: Giza

lnmunoeskasiaren birusa (GIB), Zitomegalobirusa (CMV),

Epstein-Barr  birusa     (EBV),  Pneumocystis  spp.,...

Diagnostiko mikrobiologikoan arazoak planteatzen dituzten mikroorganismoetan (kultiba-ezinak direlako edo  eta beraien kultiboa oso zaila delako): Tropheryma whipplei, Legionella pneumophila,Bartonella henselae, Bordetella pertussis, C. trachomatis; Pneumocystis spp.; C hepatitis birusa (HCV), Giza Papilomabirusa (HPV).,..

PCR-en artean nabarmendu beharrezkoak dira bi puntu hauek:

a) Denbora errealean egindako PCRak

 Real-time PCR izenaz ezagutzen diren teknika hauek azken urteetan anplifikazio tekniken artean indarra hartzen doaz.

Teknika hauek azido nukleikoen anplifikazioa eta detekzioa batera egiten dute.  Gainera, anplifikazioa hobetutako termoziklagailuetan egitean teknika burutzeko behar  den denbora asko murrizten da,eta emai1zen irteera asko azkartu.

Bestalde, azken urteetan etxe komer1zialek Real-time PCR anitzen aldeko apustua  egin dute.  Real-time PCR anitzek erreakzio berdinean hainbat mikroorganismoren detekzioa egiteko bide eman dute. Gainera, erreakzio hauetan  barne kontrolak ezar1zen dira beraien segurtasuna handi1zeko. PCR anitz  hauen artean aurkitzen ditugu ondoko hauek:

Sepsia sor dezaketen mikroorganismoen detekzioa buru1zen duena, besteak  beste, Staphylococcus aureus, S. pneumoniae,Streptococcus pyogenes,Streptococcus agalactiae, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Klebsiella  pneumoniae, Pseudomonas  aeruginosa, Candida albicans eta Aspergillus fumigatusdetekta1zeko gai dena

Nerbio sistema zentraleko infekzioetan:

o  Birusak:  EV, HSV eta   Barizela-Zoster birusa o  Bakterioak:  N. meningitidis, S. pneumoniae,...

Arnasbideetako infekzioetan:

o  Birusak: Gripearen birusa,RSV,Koronabirusa, Giza Metapneumobirusa,Rhinobirusa, ...

 o  Bakterioak: S. pneumoniae,  Haemophilus inlfuenzae, Mycoplasma pneumoniae,  L. pneumophila,Chlamydiophila pneumoniae, B. pertussis,...

 Sexu bidezko transmisioko gaixotasunetan: Neisseria gonorrhoeae, C. trachomatis etaHPV.

 Honetaz gain,Real-time PCR-ko teknika hauek anplifikazio produktua  kuantifikatzeko aukera ematen dute. Kuantifikazioaren bitartez gaixotasunaren eboluzioarekin eta pronostikoarekin erlazionaturik dagoen birus ba1zuen karga ezagutu dezakegu, besteak beste GIB, Beta C Hepatitis birusak, CMV eta EBV.

b) PCR automatizatuak

 GIB,HCV eta HBV birus kargaren kuantifikazioaren prozesu osoa, hots, azido  nukleikoen estrakzioa  eta  baita anplifikazioa eta ondorengo kuantifikazioa, aparatu berdinean egin daiteke

 Automatizazioaren beste ikuspegi bat GenXpert sistemak azaltzen du. Sistema honen bitartez lagin bat kartutxo batetan sartzen da. Kartutxo honek integratuak ditu estrakzioa, anplifikazioa eta denbora errealeko detekzio prozesua. Oso sistema sinple eta azkarra da eta beharren arabera proba molekularrak egitea uzten du. Sistema honen bitartez EV, MRSA eta Mycobacterium tuberculosis-oren detekziorako kit-ak eskuragarri ditugu.

 2. Sekuentziazioa

 Sekuentziazioaren bitartez mikroorganismoen genome osoaren edo zati baten azide nukleikoen konposizioa ezagutu dezakegu. Horrek hainbat aplikazio izan ditzake:

Mikroorganismoen identifikazioa eta berauen genotipaketa: N.  meningitidis, mikobakteriak, Nocardia, HPV,...

Mikroorganismo berrien identifikazioa: T. whipplei,HCV,SARS

koronabirusa  edo  A Gripearen  birusa, besteak  beste.

Antibiotikoen erresistentzien detekzioa: adibidez, metizilina­ erresistentea  den  S. aureus  (MRSA) edo  rifanpizina­ erresistentea den M. tuberculosis. Saito GIB eta HCV birusen erresistentzien detekzioa.

Mikroorganismoen birulentzia kodifikatzen dituzten geneen identifikazioa.

Epidemiologi mailan: broteen identifikazioa,klonalitatearen azterketak,...

3. Antigenoen detekziorako teknika azkarrak

 Teknika hauen erabilerak aurrerapauso handia ekarri du infekzioak azkar diagnostikatzeko orduan. lnmunokromatografian oinarritzen diren teknika hauek  denbora gutxian  emaitza  lortzeko aukera ematen dute. Orokorrean oso teknika sinpleak, egiteko errazak eta azkarrak dire.  Beraien   sentsibilitatea, serologiako teknika konbentzionalekin alderatuta, zertxobait eskasagoa  bade ere, abantailek  eta kostu baxuak oso erabilgarriak bilakatzen dituzte teknika hauek. Tartean aurkitzen ditugu:

Odolean: GIB eta B Hepatitis birusa;  Plasmodiumspp. Gernuan:  L. pneumophila (1 serotipoa) etaS. pneumoniae. Goi Arnas bideetako laginetan: RSV eta Gripearen  birusa; S.pyogenes.

Eginkarietan:  Adenobirus  eta Rotabirusa; Giardia  lambliaetaCryptosporidium parvum.

Arnas laginetan: M. tuberculosis.

4.  Beste hobekuntza batzu

 Mikrobiologia laborategiaren helburu garrantzitsuenetarikoak isolatutako bakterioak  identifikatzea eta haien suszeptibilitatea determinatzea dire. Horrela,klinikoak interesatzen zaion informazioa jasoko du; hau do,batetik eo gaixoak duen infekzioa zein bakteriok sortua den (eduki ditzakeen inplikazio epidemiologikoak kontutan hartzeko) eta bestetik, eo ezarri duen tratamendua eraginkorra den edo eta,halo ez den kasuan,zein tratamendu eraginkor ezarri behar duen. Baine, lan honek denbora asko suposatzen du,agian gehiegi  our egungo medikuntza ereduarentzat. Emaitzak ahalik lasterren 1gortzeko helburuarekin,azken urteetan lehenago erabiltzen ziren teknikak hobetu dire. Honen adibide dire:

1.  Kultibo-medio likidoak

Hemokultiboetan eta mikobakterioen hazkuntzan erabiliak, bakteriemien eta, batez ere, tuberkulosiaren diagnostikoa asko azkartu dute. lnkubatzen dauden heinean irakurketa automatikoak burutzen dire mikroorganismoen  hazkuntza detektatzeko.

2. Medic kromogenikoak

Azken urteetan,kultibo-medio klasikoen garapena diren medic kromogenikoak komertzializatu dira. Medic hauetan haztean bakterio jakin batzuen koloniak kolore bat garatzen dute, beraien isolamenduan eta identifikazioan lagunduz. Gainera,medic hauei antibiotikoa gehituz ezaugarri bereziak dituzten bakterioak hautatzen laguntzen dute,hala nola,hedatutako espektrodun beta-laktamasa (BLEE) daukan E. coli-a,MRSA edo eta Bankomizina-erresistentea den Enterococcus-a (VRE).

3.  ldentifikazio sistema eta suszeptibilitate frega azkarrak

Ordu gutx:ian identifikazioa eta suszeptibilitate profilaren irakurketa ematen duten sistema automatizatuak.

Lagina zuzenean erein eta beronen gainean ezarri daitezkeen suszeptibilitate testak; ondoren ordu gutxian aurre-irakurketa bat egin dezakegu. Teknika hau oso erabilgarria izan daiteke, adibidez,  hemokultibo positiboetan,baita hautatutako laginetan ere (adibidez Zainketa lntentsiboetako Unitateetako gaixoen arnas laginetan).

Matrix-assisted laser desorption/ionisation-time of flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). Teknika honek bakterio osoa eskutan hartuta espezie/azpiespezie mailan identifikatzeko aukera ematen du. Laser bigun bat erabiliaz, bakterioen proteinen analisia egiten du minutu utxiren buruan. Aparatu hau,bakterioen identifikazio azkarra eg1teaz gain,klonalitate azterketak burutzeko gai da, beronek broteen ikerkuntzan izan dezakeen  arrantzia gehituz. Honetaz gain,duela urte gutx:i ezartzen has1 den hobekuntza honek beste aplikazio batzuk izan ditzake; besteak beste, toxina edo birulentzi faktoreen detekzioa, antibiotikoen erresistentzi markadoreen detekzioa, eta abar.

 Dena dela,biologia molekularra eta sistema automatizatu,azkar eta eraginkorrak erabili arren mikrobiologiako laborategiak askotan duen huts nabariena informazioa ez dela iristen behar den lekura eta behar den denboran. Horregatik, mikrobiologia laborategiaren kudeaketa eta eraginkortasun egokiak lortzeko beharrezkoak izan beharko lirateke puntu hauetan nobekuntzak bultzatzea:

 Mikrobiologo eta klinikoen arteko komunikazioa  garatu, baliabide diagnostikoen erabilera egokitzeko eta optimizatzeko.

 Baliabide mikrobiologikoak biztanleria osoaren esku jarri, ospitale handi zein ertain nahiz osasun zentroak beraietaz baliatu daitezen:

 o   laginen garraio sistema azkarra bultzatuz,

o   eskaeren eta emaitzen informatizazioa garatuz,

o  telefonoz eta on-line egindako kontsulta mikrobiologikoak bultzatuz.