Sarrera

SARRERA Biologia molekularraren tekniken in silico simulazioa esperimentu teorikoak egitea ahalbidetzen du. Simulazioak, laborategiko saiakuntza praktikoak egin baino lehen zer nolako emaitzak edukiko ditugun jakinarazten du. Lan honetan tipifikazio teknika berria garatu da, resAP-PCR deiturikoa. Teknika hori erabiltzeko, anplifikaziorako oligonukleotidoen aukeraketa egokia funtsezkoa da. Horretarako, programa bioinformatiko bat diseinatu da, http://insilico.ehu.es/resAP-PCR web orrian probatu ahal dena. Teknika honen simulazioa egin dezakegu sekuentziatuta dauden genoma prokarioto guztiekin.

Helburuak

HELBURUAK Webgunea sortzea resAP-PCR genotipifikazio teknikaren erabilpen azkar eta eroso bat ahalbidetuko duen datuak lortzeko. Horiek erabiliz, zenbait mikroorganismoren genotipifikazioa egitea.

Metodoak

METODOAK resAP-PCR teknika serotipo desberdineko 27 Salmonella anduiekin probatu zen. Hauen DNA genomikoaren erauzketa egin ondoren, errestrikzio entzima batekin (HaeIII) moztu zen. Ondoren, programa bioinformatikoen bidez aukeratutako bederatzi baseko hiru oligonukleotidorekin polimerasa kate-erreakzioa (PCR) egin zen. Banda-patroia ikusteko elektroforesia egin zen agarosazko jelean. Teknikaren erreproduzibilitatea aztertzeko, zenbait DNA erauzketa eta mozketa errestrikzio entzimarekin egin ziren. Teknika hau beste enterobakteria desberdin batzuekin ere probatu zen: Escherichia coli, Enterobacter cloacae eta Klebsiella pneumoniae. Protokolo bera jarraitu zen bakteria hauen tipifikaziorako. Bakteria hauek eta Salmonella, familia berdinekoak izanda, oligonukleotidoen maiztasun bera azaltzen dute haien genometan. Beraz, PCRaren hasleak, salmonelarekin erabilitakoen berdinak izan ziren.

Emaitzak

EMAITZAK Serotipo berdineko salmonelak banda patroi berdintsua azaldu zuten gehienetan, baina serotipo arraro batzuen profila desberdina izan zen. Erreproduzibilitate saiakuntzen emaitzak oso onak izan ziren, teknika ona dela adieraziz. Gainerako enterobakterioen banda patroia ere oso argia izan zen, eta anduien bereizketa baimentzen zuen.

Ondorioak

ONDORIOAK Filogenetikoki erlazionatutako bakteriak analizatu nahi ditugunean, resAP-PCR teknikan hasle berdinak erabiltzea posible da; izan ere, horrela gertatu da gure kasuan enterobakteria espezie desberdinak aztertzean. Hala ere, erlazionatu gabeko beste bakteriak analizatu nahi ditugunean, egokiak diren hasleak aukeratzen ditugula ziurtatzeko, proposatutako web orrian kontsulta daiteke.

Bibliografia